Definition
BLAST ist ein Akronym für : Basic - Local -Alignment -Search Tool.Es handelt sich um ein bioinformatisches Werkzeug, das verwendet wird, um Ähnlichkeiten zwischen biologischen Sequenzen zu finden – meist DNA-, RNA- oder Proteinsequenzen. BLAST vergleicht eine eingegebene Sequenz (Query) mit einer Datenbank bekannter Sequenzen, um herauszufinden:
- ob es ähnliche (homologe) Sequenzen gibt,
- wie stark die Ähnlichkeit ist (Identität und Ähnlichkeitsgrad),
- und wo genau diese Ähnlichkeit auftritt (Alignments).
Allgemeine Information
Typische Anwendungen:
- Identifikation von Genen oder Proteinen anhand unbekannter Sequenzen.
- Funktionelle Annotation von Sequenzen durch Vergleich mit bekannten Genen/Proteinen.
- Phylogenetische Analysen (Verwandtschaftsanalyse).
- Primer-Design: Vermeidung unspezifischer Bindung durch Abgleich mit dem Genom.
Beispielhafte BLAST-Varianten:
- BLASTn – für Nukleotid vs. Nukleotid-Datenbank (z. B. DNA vs. DNA)
- BLASTp – für Protein vs. Protein-Datenbank
- BLASTx – übersetzt eine DNA-Sequenz in alle möglichen Proteine und vergleicht mit einer Protein-Datenbank
- tBLASTn – vergleicht eine Proteinsequenz mit einer translierten Nukleotiddatenbank
- tBLASTx – vergleicht translatierte Nukleotidsequenzen auf Proteinebene
LiteraturFür Zugriff auf PubMed Studien mit nur einem Klick empfehlen wir 
Kopernio
Kopernio- Altschul SF et al.(1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215:403-410.
