Unter Interkalation (von lat. intercalare = einschieben) versteht man in der Biochemie eine besondere Wechselwirkung zwischen Kleinmolekülen und der DNA. Dabei schiebt sich das Kleinmolekül in den Raum zwischen zwei benachbarten Basenpaaren der DNA-Doppelhelix. Die Folge ist, dass die Geometrie des DNA-Stranges an diesen Stellen verzerrt wird (s. Abb.). Hierdurch wird die Transkription und folglich auch die Replikation gestört. Die Interkalation wird für die chemotherapeutische Wirkung von Antibiotika bzw. Zytostatika wie Actinomycin oder Anthracycline (z.B. Doxorubicin, Daunorubicin), wird auf diesen Effekt zurückgeführt.