Das CpG-Methylom-Profil ist die umfassende Genomkarte, die anzeigt welche CpG-Stellen in einem bestimmten biologischen Sample methyliert sind und in welchem Ausmaß dies erfolgt ist. CpG-Methylom-Profil ist ein zentrales Werkzeug der Epigenomforschung und beschreibt das Muster der DNA-Methylierung an allen CpG-Stellen (also an Cytosin-Guanin-Dinukleotiden) im Genom einer Zelle oder eines Gewebes.
Die DNA-Methylierung ist eine chemische Modifikation, bei der eine Methylgruppe (-CH₃) an das Cytosin einer CpG-Stelle gehängt wird. CpG-Stellen bezeichnen Bereiche in der DNA, an denen ein Cytosin direkt vor einem Guanin steht (5’-C-phosphat-G-3’). Diese Stellen sind Hotspots für Methylierung.