Maß für die phylogenetische Unähnlichkeit zweier Gemeinschaften, wird berechnet als der nicht gemeinsame Anteil des phylogenetischen Baums (Distanz), der alle Organismen beider Gemeinschaften umfasst. UniFrac, misst somit die phylogenetische Distanz zwischen Gruppen von Taxa in einem phylogenetischen Baum als den Anteil der Zweiglänge des Baums, der zu Nachkommen aus entweder der einen oder der anderen Umgebung führt, aber nicht aus beiden.
UniFrac kann verwendet werden, um festzustellen, ob sich Gemeinschaften signifikant unterscheiden, um viele Gemeinschaften gleichzeitig mit Hilfe von Cluster- und Ordinationstechniken zu vergleichen und um die relativen Beiträge verschiedener Faktoren, wie Chemie und Geographie, zu Ähnlichkeiten zwischen Proben zu messen. In der Mikrobiologie wird die Nützlichkeit von UniFrac, indem die veröffentlichten 16S rRNA-Genbibliotheken von kultivierten Isolaten und Umweltklonen von Bakterien miteienander verglichen werden. UniFrac offeriert einen Weg zur Charakterisierung mikrobieller Gemeinschaften bietet, indem es die Fülle an rRNA-Sequenzen aus der Umwelt nutzt und einen quantitativen Einblick in die Faktoren ermöglicht, die der Verteilung von Linien in verschiedenen Umgebungen zugrunde liegen.