Wissenschaftliches Gebiet das die kulturunabhängige Studien der Struktur und Funktion mikrobieller Gemeinschaften und ihrer Interaktionen mit den von ihnen besetzten Habitaten umfasst. Zur Metagenomik gehören:
- die Schrotschuss(„Gunshot“)- Sequenzierung mikrobieller DNS, die direkt aus einer bestimmten Umgebung isoliert wurde, und
- das Hochdurchsatz- („High-throughput“)-Screening von Expressionsbibliotheken, die aus geklonter Gemeinschafts-DNS erzeugt wurden, um bestimmte Funktionen wie Antibiotikaresistenzen zu identifizieren (funktionelle Metagenomik).
DNS-Analysen liefern die Grundlage für das „Profiling“ von mRNS und Proteinen eines Mikrobioms (Meta-Transkriptomik und Meta-Proteomik) sowie für die Identifizierung des metabolischen Netzwerks einer Gemeinschaft (Meta-Metabolomik).