Mykotoxine sind toxische Stoffwechselprodukte von Schimmelpilzen. Etwa 200 verschiedene Toxine sind bekannt; sie werden von etwas über 300 Pilzarten produziert. Rein sprachlich ist der Begriff „Mykotoxin“ von dem Begriff „Pilzgift“ zu unterscheiden. Pilzgifte (v.a. Phallatoxine, Amantinine) werden von Großpilzen gebildet und hier in ihren Fruchtkörpern.
Mykotoxine sind für den Menschen (auch für gleichwarme Tiere) bereits in geringen Dosen toxisch. In Mitteleuropa nimmt die Bedeutung der Mykotoxine zu. Ursache dafür sind Lebensmittelimporte aus Gebieten mit feuchtwarmem Klima. Sie sind in allen Stufen der Herstellung, von der landwirtschaftlichen Produktion über die Lebensmittelverarbeitung bis zur Lagerung vom Befall durch Schimmelpilze bedroht.
Weitere Ausführungen s.u. Mykotoxine (Mikrobiologie)