Unter Metatranskriptomik versteht man die Analyse aller zu einem bestimmten Zeitpunkt aktiven RNA-Transkripte einer gesamten mikrobiellen Gemeinschaft (Mikrobiom) in einer Probe. Sie liefert ein funktionelles Bild der biologischen Aktivitäten des Mikrobioms.
Durchführung: Nach Entfernung der dominierenden ribosomalen RNA (mRNA) werden unter anderem untersucht:
Der Nachweis von RNA oder fungalen Metaboliten kann zeigen, welche Mikroorganismen metabolisch aktiv sind. Dadurch lässt sich die bloße Anwesenheit von DNA besser von funktioneller Aktivität unterscheiden. Welche Gene sind aktiv? Welche Stoffwechselwege sind eingeschaltet? Welche Virulenzfaktoren werden produziert? Welche Resistenzgene sind aktiv? Wie verändert sich die Genexpression unter Therapie und Entzündung?
Metatranskriptomik beantwortet die Frage: Wer ist gerade aktiv und war tut er tatsächlich.