In der Biologie und verwandten Bereichen gibt es keine universelle Standardterminologie. Die Verwendung von Begriffen kann spezifisch für eine Art sein.Sie kann spezifisch für ein Forschungsgebiet oder sogar eine bestimmte Forschungsgruppe sein. Damit wird die Kommunikation und die gemeinsame Nutzung von Daten erschwert.
Das Gene Ontology-Projekt bietet eine Ontologie mit definierten Begriffen, die die Eigenschaften von Genprodukten darstellen. Die Ontologie deckt drei Domänen ab:
- zelluläre Komponente, die Teile einer Zelle oder ihrer extrazellulären Umgebung;
- molekulare Funktion, die elementaren Aktivitäten eines Genprodukts auf molekularer Ebene, wie z. B. Bindung oder Katalyse;
- biologischer Prozess, Vorgänge oder Sätze von molekularen Ereignissen mit einem definierten Anfang und Ende, die für das Funktionieren von integrierten lebenden Einheiten relevant sind: Zellen, Gewebe, Organe und Organismen.
Jeder GO-Begriff innerhalb der Ontologie hat einen Begriffsnamen, der ein Wort oder eine Wortfolge sein kann, eine eindeutige alphanumerische Bezeichnung, eine Definition mit zitierten Quellen und eine Ontologie, die die Domäne angibt, zu der er gehört. Begriffe können auch Synonyme haben, die als genau äquivalent zum Begriffsnamen, breiter, enger oder verwandt eingestuft werden; Verweise auf äquivalente Konzepte in anderen Datenbanken; und Kommentare zur Bedeutung oder Verwendung des Begriffs. Das GO-Vokabular ist artenneutral aufgebaut und enthält Begriffe, die für Prokaryoten und Eukaryoten, ein- und mehrzellige Organismen gelten.