Als Fusionsgen bezeichnet man ein Hybrid-Gen, das aus dem Verschmelzen (meist reziproke chromosomale Translokation z.B. durch crossing-over zwischen 2 Schwester-Chromatiden) zweier zuvor einzelner Gene entsteht. Fusionsgene können durch Genmutation entstehen oder sie werden künstlich zu Forschungszwecken entwickelt.
Ein typisches Beispiel ist das BCR-ABL Gen nach Austausch von Genmaterial zwischen den Chromosomen 9 und 22 bei chronischer myeloischer Leukämie (C92.10). Hierbei findet sich die reziproke Translokation t(9;22)(q34;q11). Das Fusionsgen kodiert die Synthese eines Fusionsproteins mit Tyrosinase-Aktivität und proliferationsfördernder und Apoptose-hemmender Wirkung.