Bei einem epigenetischen Mosaik verfügen (im Gegensatz zu einem genomischen Mosaik) alle Zellen des Mosaiks über dasselbe Genom. Durch frühzeitige, während der Embryogenese einsetzende epigenetischen Einflüsse von Steuerungsgenen entstehen zwei funktionell unterschiedliche Zellklone.
Diese funktionellen Mosaike sind erblich. Ein derartiges Mosaik kann sowohl die X-Chromosomen als auch die Autosomen betreffen. Es wird angenommen, dass alle epigenetischen Mosaike durch die Aktivität von Transponsablen Elementen, auch Retrotransposone genannt, verursacht werden.