BLAST

BLAST ist ein Akronym für : Basic - Local -Alignment -Search Tool.Es handelt sich um ein bioinformatisches Werkzeug, das verwendet wird, um Ähnlichkeiten zwischen biologischen Sequenzen zu finden – meist DNA-, RNA- oder Proteinsequenzen. BLAST vergleicht eine eingegebene Sequenz (Query) mit einer Datenbank bekannter Sequenzen, um herauszufinden:

• ob es ähnliche (homologe) Sequenzen gibt,
• wie stark die Ähnlichkeit ist (Identität und Ähnlichkeitsgrad),
• und wo genau diese Ähnlichkeit auftritt (Alignments).

Typische Anwendungen:

• Identifikation von Genen oder Proteinen anhand unbekannter Sequenzen.
• Funktionelle Annotation von Sequenzen durch Vergleich mit bekannten Genen/Proteinen.
• Phylogenetische Analysen (Verwandtschaftsanalyse).
• Primer-Design: Vermeidung unspezifischer Bindung durch Abgleich mit dem Genom.

Beispielhafte BLAST-Varianten:

• BLASTn – für Nukleotid vs. Nukleotid-Datenbank (z. B. DNA vs. DNA)
• BLASTp – für Protein vs. Protein-Datenbank
• BLASTx – übersetzt eine DNA-Sequenz in alle möglichen Proteine und vergleicht mit einer Protein-Datenbank
• tBLASTn – vergleicht eine Proteinsequenz mit einer translierten Nukleotiddatenbank
• tBLASTx – vergleicht translatierte Nukleotidsequenzen auf Proteinebene

1. Altschul SF et al.(1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215:403-410.