Selektiver Thrombininhibitor. Der Heparin-Cofaktor II wirkt nicht auf das AT-III. Er wird durch Heparin in seiner Wirkung verstärkt und bildet mit dem Thrombin einen Komplex. Das Molekulargewicht beträgt 65 kD.
Die Synthese des Heparin-Cofaktors II erfolgt in der Leber, die Plasmakonzentration liegt bei 9mg/l.
Die Halbwertszeit liegt bei 2,5 Tagen. Ein Mangel an Heparin-Cofaktor II ist mit einem erhöhten Thromboserisiko verbunden.