Im Allgemeinen verursachen die meisten Seeigel nur durch ihre Stacheln Verletzungen. Die Stacheln dringen leicht in die Haut ein, v.a. beim Drauftreten, brechen ab und bleiben, da mit Widerhaken versehen in der Haut fest stecken. Oft zerbröseln sie zudem bei dem Veruch sie zu entfernen. Einige Seeigelarten besitzen im Inneren der Stachel Toxine, die an den Eintrittsstellen Brennen und Juckreiz verursachen können. In sehr seltenen Fällen sind systemische Toxin-Reaktionen (Urtikaria, Kopfschmerzen, Erbrechen, Diarrhoe) möglich.
Die in die Haut eingedrungenen Stacheln z.B. in der Fußsohle oder an sonstigen Kontaktstellen müssen einzeln entfernt werden. Besonders tief sitzende Stacheln können nur mikroinvasiv entfernt werden. Verbleibende Stachelreste verursachen in der Haut lokale Infektionen, weiterhin hartnäckig persistierende Fremdkörpergranulome, die gfls. chirurgisch entfernt werden müssen. Dies v.a. wenn sie in Gelenke eingedrungen sind (Gefahr der Versteifungen).
Kontakte mit den kurzen Stacheln von Lederseeigeln (Asthenosoma-Arten) führen zwar kaum zu sichtbaren Verletzungen, sind dafür aber äußert schmerzhaft, wobei der Schmerz nach 30 Minuten nachlässt.
Verletzungen durch die Greifzangen von Giftzangenseeigeln (Toxopneustes-Arten) sind ebenfalls äußert schmerzhaft, wobei der Schmerz nach 30 Minuten nachlässt. In Einzelfällen kann es zu Vergiftungserscheinungen kommen.
Kontakte mit den bis 6 cm langen Stacheln des Dornenkronenseesterns (Acanthaster planci) führen zu äußert schmerzhaften Verletzngen. Reste der Stacheln können radiologisch dargestellt werden und sind chirurgisch zu entfernen.
Cave: Primin-haltige Seeigel: Mögliche allergische Reaktionen, Kreuzreaktionen, s. Becherprimel