Plasmalogene sind Glycerophospholipide (Etherlipide), die strukturell dem Phosphatidylcholin bzw. dem Phosphattidylethanolamin ähneln. Jedoch ist am C1-Atom des Glycerins anstelle einer Fettsäure ein Fettsäurealdehyd als Enolether gebunden. Die 2., als Ester gebundene Fettsäure, ist meist mehrfach ungesättigt.
Plasmalogene repräsentieren bis zu 20% der totalen Phospholipidmasse des Menschen. Sie sind strukturelle Schlüssel-Phospholipide in den Hirnmembranen (Braverman).
Im Gehirn und im Serum von Patienten mit Alzheimer-Erkrankung sind Plasmalogene vermindert (Wood PL et al. 2010).
Weiterhin ist ein Plasmalogenmangel charakteristisch für das Zellweger-Syndrom und der Chondrodysplasia punctata (Braverman). Bei diesem Syndrom liegen Mutationen der für Peroxisome kodierende Gene (PEX-1, PEX-5) vor. Diese Mutation führt zu einem schweren Enzymmangel in den Peroxisomen. Damit können Plasmalogene nicht mehr synthetisiert werden.