Die Methode wurde 1997 von Solinas-Toldo et al. am DKFZ in Heidelberg entwickelt. Sie ist an routinefixiertem Geweben einsetzbar und zur Identifizierung und Charakterisierung von chromosomalen Aberrationen geeignet.
Die Array-CGH ist eine Weiterentwicklung der vergleichenden Genomhybridisierung (konventionelle CGH) und ermöglicht den Nachweis von Verlusten und Gewinnen an der genomischen DNA. Hierbei werden bei 2, mit unterschiedlichen Fluorochromen markierte DNA-Proben, eine vergleichende genomische Hybridisierung durchgeführt. Das Verhältnis der Fluoreszenzsignale der Patienten- und Referenz-DNA wird bestimmt. Durch diese vergleichende Hybridisierung können sehr kleine, submikroskopische Veränderungen (Deletionen, Duplikationen) beim Patienten nachgewiesen werden und durch den Einsatz spezieller Softwareprogramme die Veränderungen an den beteiligten Gene identifiziert werden.