Mit Metachromasie wird eine histologische Bezeichnung belegt, die durch Änderung der (farbstofftypischen) Färbung bestimmter biologischer Strukturen eintritt. Mit anderen Worten: Bestimmte Gewebestrukturen färben sich mit einem anderen Farbton als dem des originären Farbstoffes.
Mit dieser Methode werden Mastzellen, Amyloidablagerungen, fibrioide Degeneration u.a. Veränderungen dargestellt. Farstoffe mit metachromatischen Eigenschaften sind z.B. Kongorot, Toluidinblau, Methylviolett.