In der Biochemie verwendeter Begriff für ein Molekül, das an ein Zielprotein, beispielsweise einen Rezeptor, binden kann. Die Bindung des Liganden ist üblicherweise reversibel und wird insbesondere durch Ionenbindungen, Wasserstoffbrückenbindungen und Van-der-Waals-Kräfte ermöglicht. Die Affinität eines Liganden zum Zielprotein ist unterschiedlich. Liganden werden im Gegensatz zu Substraten nicht vom Zielmolekül umgesetzt, können jedoch dessen dreidimensionale Struktur und dessen Funktion beeinflussen. Liganden, die einen Rezeptor aktivieren, bezeichnet man als Agonisten, Liganden, die einen Rezeptor inaktivieren, als Antagonisten.