Gene mit ähnlicher Nucleotidsequenz. Von homologen Genen nimmt man an, daß sie sich von einem gemeinsamen „Ur-Gen“ ableiten. 2 Arten der Homologie von Genen wird unterschieden:
- Paraloge Gene (Paraloga) sind homologe Gene in einer Spezies, die durch Genduplikation und anschließender Divergenz der Nucleotidsequenzen entstanden sind, wie z.B. die verschiedenen Hämoglobin-Gene (Hämoglobine) bei den Säugetieren.
- Orthologe Gene (Orthologa) sind homologe Gene in verschiedenen Spezies, die sich von einem gemeinsamen Gen im letzten gemeinsamen Vorfahren der betrachteten Gruppen ableiten.