Formalinfixierte, in Paraffin eingebettete (FFPE) Gewebeproben, die in Pathologieabteilungen weltweit gelagert werden, sind eine unschätzbare Quelle für diagnostische Zwecke, wenn kein frisches klinisches Material verfügbar ist, sowie für retrospektive molekulare und epidemiologische Studien für die eine prospektive Sammlung nicht möglich ist (Campos PF et al. 2012). Das Verfahren wurde im späten 19. Jahrhundert entwickelt.
FFPE
Erstbeschreiber/Historie
Definition
FFPE ist das Akronym für „Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded“. FFPE bezeichnet als Kurzform das derzeit übliche Verfahren um organische Gewebeproben in Paraffin einzubetten damit sie für eine histologische Untersuchung aufbereitet werden können. Derart präparierte Gewebeproben können langzeitig (Jahre bis Jahrzehnte) konserviert werden.
Hinweis(e)
Die Einführung modernster Nukleinsäuresequenzierungstechnologien hat großes Interesse an der Verwendung historischer FFPE-Proben geweckt, die in Biobanken gelagert werden, da sie vielversprechende Möglichkeiten bieten, neue Informationen aus diesen wertvollen Proben zu gewinnen. Die Formalin-Fixierung verändert jedoch die DNA chemisch, was zu falschen Sequenzen oder Fehlinterpretationen bei der Weiterverarbeitung und Datenanalyse führen kann (Steiert TA et al. 2023). Derartige DNA-Schäden können kompensiert werden, selbst wenn geringe Mengen (50 ng) fragmentierter FFPE-DNA (DNA-Integritätszahl 2,0) verwendet werden, die nicht gut amplifiziert werden können (Steiert TA et al. 2023 ). Inzwischen wurden auch Methoden zum Nachweis von HPV-DNA/RNA in FFPE-Gewebeproben beschrieben, mit denen ihre Integrität und/oder Amplifizierbarkeit erhöht werden kann, und die zu zufriedenstellenden Nachweismethoden führen (Kocjan BJ et al. 2016).
Literatur
- Campos PF et al. (2012) DNA extraction from formalin-fixed material. Methods Mol Biol 840:81-85.
- Kocjan BJ et al. (2016) Detection of alpha human papillomaviruses in archival formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens. J Clin Virol 76 Suppl 1:88-97.
- Nirmalan NJ et al. (2008) Mining the archival formalin-fixed paraffin-embedded tissue proteome: opportunities and challenges. Mol Biosyst 4:712-720
- Steiert TA et al. (2023) A critical spotlight on the paradigms of FFPE-DNA sequencing. Nucleic Acids Res 51:7143-7162.