Mit dem Begriff Taxonomie, von griech. taxis = Ordnung und nomos = Gesetz wird in der Biologie ein Klassifikationsschema, nach international definierten Kriterien, zur Einordnung von Organismen und deren Verwandtschaftsbeziehungen zueinander bezeichnet.
Taxonomien sind für die Wissenschaft von erheblicher Bedeutung, da sie den Umgang mit Einzelfällen erleichtert und darüberhinaus summarische Aussagen ermöglichen, die zu einer möglichen Erklärung von Zusammenhängen führen können. S.a. Chemotaxonomie.
Eine der bekanntesten Taxonomien wurde von dem schwedischen Biologen Carl von Linné entwickelt. Er begründete die bis heute verwendete wissenschaftliche Taxonomie (Klassifikation) für Botanik und Biologie.