Proteine (z. B. Ovalbumin, gekochtes Fischfleisch, pflanzliche Proteine) werden unter Wasseranlagerung in ihre Bausteine (letztlich Aminosäuren) zerlegt (hydrolysiert). Häufig reicht zur Hydrolyse einfaches Kochen in Wasser nicht aus.
In diesen Fällen nutzt man konzentrierte Mineralsäure (i. A. Salzsäure) oder konzentrierte Laugen (z.B. Kalilauge) um die Hydrolyse ggf. unter Erwärmen in Gang zu setzen (um den Vorgang ausreichend zu beschleunigen muss die Temperatur meist über 100 °C liegen; ggf. wird der Druck zusätzlich erhöht). In heißer Kalilauge gelingt die Hydrolyse bereits bei Normaldruck. Mit dieser Form der Hydrolyse lassen sich z.B. Haarproteine zerlegen.
Enzymatische Hydrolyse: Hochwirksam (und bei Raumtemperatur) sind Proteasen, die z.B. im Magensaft oder in der Pankreasenzym-Mischung (Exoproteasen) enthalten sind. Bei den Proteasen besteht eine Abhängigkeit der jeweiligen Enzymreaktion vom pH-Wert.