Haplotyp (von griech. haplos „einfach“ und typos „Abbild, Muster“), ist eine Kurzbezeichnung für „haploider Genotyp“. Mit Haplotyp wird eine Variante einer Nukleotidsequenz auf ein und demselben Chromosom im Genom eines Lebewesens bezeichnet. Die einzelnen Allele stammen jeweils einmal von der mütterlichen und einmal von der väterlichen Zelle. Daraus ergibt sich ein gemischter genetischer Haplotyp. Die dominanten Gensätze setzen ihre Eigenschaften durch, wodurch der Phänotyp eines Individuums definiert wird. Ein bestimmter Haplotyp kann spezifisch für ein Individuum sein. Ein bstimmter Haplotyp kann aber auch populations- oder artspezifisch sein. Bei der HLA-Typisierung spielen Haplotypen eine wichtige Rolle.