Bei der DNA-Methylierung übertragen bestimmte Enzyme, die DNA-Methyltransferasen (DMT), eine Methylgruppe an definierte Cytosin-Moleküle des DNA-Doppelstranges. Die Methylierung erfolgt v.a. an sog. CpG Dinukleotiden (CpG steht für Cytosin-phosphatidyl-Guanin). CG-Paare, die sich am Anfang eines Genes befinden, werden besonders häufig methyliert. Eine Methylierung an dieser Stelle verhindert meist eine Transkription des Gens durch die RNA-Polymerase. Die DNA-Methylierung ist ein wichtiger Mechanismus zur Regulation der Genexpression. Sie ist darüberhinaus ein wichtiges molekularbiologisches, epigenetisches Handwerkzeug. Die DNA-Methylierung bewirkt keine genetische Mutation, sondern nur eine Modifikation des Gens. Die DNA-Methylierung kommt in sehr vielen Lebewesen vor und hat verschiedene biologische Funktionen. Die Abfolge der DNA-Methylierung orientiert sich an dem entsprechenden Muster der Mutterzelle und ist dann Teil des epigenetischen Codes einer Zelle.