Ein Allel (von griech. allélon „einander, gegenseitig“) bezeichnet eine mögliche Ausprägung eines jeweiligen Erbfaktors (Gen), das sich an einem bestimmten Ort (Locus) auf einem Chromosom befindet.
Durch Variationen in der Basensequenz der DNA entstehen verschiedene Ausprägungsformen (Allele) von Genen. Diese können den Phänotyp verändern. Ein Gen hingegen ist ein Abschnitt der DNA, der Erbinformationen zu einem bestimmten Merkmal enthält. Es können aber auch mehr als zwei unterschiedliche Zustandsformen eines Gens vorkommen, das heißt, > zwei Allele treten an einem Genort auf (multiple Allelie).
Als Allele werden auch solche Ausprägungen von Genen bezeichnet, die Mutationen enthalten, die z.B. den Funktionsverlust des Gens verursachen. Die mutierte Form des Gens wird als Wildtyp bezeichnet. Mutierte Allele erhalten meist eine andere Bezeichnung um sie von dem Wildtyp-Allel unterscheiden zu können. Wie genau dieses Merkmal ausgeprägt ist, also auf welche Art und Weise, wird von dem Allel bestimmt. So kann das eine Allel zum Beispiel zu blonden Haaren führen und ein anderes zu schwarzen Haaren.
Ein einzelnes Allel wird jeweils von einem Elternteil vererbt. Unterscheiden sich die Allele in einem Locus, so ist der Organismus heterozygot. Das dominanten Erbmerkmal setzt sich durch. Unterscheiden sich die Alle in einem Locus nicht, so ist der Organismus homozygot.